Mokykla įsteigta 1945 m. lapkričio 26 d. Keitėsi jos pavadinimai:

• Vilniaus dešimtmetė muzikos mokykla (1945-1957m.),
• Vilniaus specialioji muzikos mokykla (1957-1960m.),
• Vilniaus vidurinė meno mokykla-internatas (1960-1965m.),
• Vilniaus M.K.Čiurlionio vidurinė meno mokykla-internatas (1965-1994m.). (1986 m. choreografijos skyrius reorganizuojamas į Vilniaus baleto mokyklą),
• Vilniaus Mikalojaus Konstantino Čiurlionio menų gimnazija (1994-2001 m.)
• 2001-04-30 Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Nr.720 M.K.Čiurlionio menų gimnazija ir Vilniaus baleto mokykla reorganizuojama į Nacionalinę Mikalojaus Konstantino Čiurlionio menų mokyklą.

Mokyklos vadovai:

• Domas Andrulis (1945 - 1947)
• Jonas Bendorius (1947-08-26 - 12 mėn.)
• Liudmila Keželytė (1947-12-20 - 1956)
• Veronika Fakejevaitė (1956-08-25 - 1959)
• Vaclovas Furmanavičius (1959-08-01 - 1960)
• Dainius Trinkūnas (1960-07-07 - 1970.01.16)
• Vytautas Sereika (1970-01-16 - 1983.09.15)
• Aleksandras Jurgelionis (1983-09-15 - 1994-10-27)
• Romualdas Kondrotas (1994-11-02 - 2020-11-25)
• Dainius Numgaudis nuo 2020-11-26